Im Jahr 2014 wurde die Initiative „Eine Frage der Haltung – neue Wege für mehr Tierwohl“ vom Bundesministerium für Ernährung und Landwirtschaft vorgestellt. Das Ziel der Initiative ist es, zusammen mit Wirtschaft, Wissenschaft, Politik und Verbrauchern, die Bedingungen in der Nutztierhaltung weiter zu verbessern. Dazu wurden besondere Tierwohlkriterien entwickelt, die über die bestehenden gesetzlichen Vorschriften von Qualitätssicherungssystemen hinausgehen. Finanziert wird die Initiative Tierwohl durch den teilnehmenden Lebensmitteleinzelhandel, der seit Januar 2015 für jedes verkaufte Kilogramm Fleisch- oder Wurstware von Schweinen, Hähnchen und Puten vier Cent in den sogenannten Tierwohlfonds einzahlt. Eine Teilnahme an der Initiative Tierwohl ist freiwillig. Die teilnehmenden Landwirte erhalten von Tierwohlfonds unabhängig vom Marktpreis ein sogenanntes Tierwohl-Entgelt.
Das Bundesfinanzministerium regelt in einem aktuellen Anwendungsschreiben die umsatzsteuerliche Behandlung der Tierwohl-Entgelte. Danach müssen die teilnehmenden Tierhalter aus den Tierwohl-Entgelten der Trägergesellschaft 19 Prozent Umsatzsteuer an das Finanzamt abführen. Dies gilt auch für umsatzsteuerlich pauschalierende Landwirte. Die Entgelte der Trägergesellschaft stellen damit Nettobeträge dar; die gesetzliche Umsatzsteuer wird von der Trägergesellschaft an die Tierhalter zusätzlich ausgezahlt.
Die Zahlungen der Initiative Tierwohl fallen nicht in den Anwendungsbereich der Umsatzsteuerpauschalierung. Die teilnehmenden Landwirte verpflichten sich zur Einhaltung bestimmter Kriterien, sie erbringen damit keine gesonderte Leistung, die zu land- und forstwirtschaftlichen Zwecken genutzt wird. Daher kann nach dem Umsatzsteuergesetz bei pauschalierenden Landund Forstwirten insoweit auch nur die Regelbesteuerung Anwendung finden.
Das Tierwohl-Entgelt wird nach Ablauf eines Quartals festgesetzt, die Auszahlung erfolgt allerdings jeweils erst sechs Monate später. Die Umsatzsteuer für die Ausführung der sonstigen Leistung gegenüber der Initiative Tierwohl entsteht bei Berechnung der Steuer nach vereinbarten Entgelten (Soll-Besteuerung) jeweils mit Ablauf des Voranmeldungszeitraums. Aus diesem Grund müssen Landwirte, die der umsatzsteuerlichen Soll-Besteuerung unterliegen, Umsatzsteuern über mehrere Monate vorfinanzieren. Bei der Besteuerung nach vereinnahmten Entgelten (Ist-Besteuerung) entsteht dieser nachteilige Effekt naturgemäß nicht.
Führen Unternehmer, deren Umsätze üblicherweise der pauschalen Durchschnittssatzbesteuerung unterliegen, auch andere Umsätze aus, müssen sie diese grundsätzlich nach der Regelbesteuerung versteuern. Dementsprechend können pauschalierende Landwirte, die an der Initiative Tierwohl teilnehmen, Vorsteuerbeträge in Abzug bringen, soweit sie den regelbesteuerten Umsätzen der Initiative zuzurechnen sind. Dies führt beispielsweise dazu, dass Landwirte, die Neu- und Umbauten durchführen, um Zahlungen der Initiative Tierwohl zu erhalten, aus den Anschaffungs- oder Herstellungskosten anteilige Vorsteuerbeträge geltend machen können. Auch aus entsprechenden laufenden Aufwendungen ist ein anteiliger Vorsteuerabzug möglich.